（圖片來源為教育部電子報粉絲專頁）
繼前教育部長潘文忠請辭後，新任教育部長吳茂昆也在今天請辭獲准，任期至今僅41天的他也成了任期最短的教育部長。
吳茂昆上任後爭議不斷，包括拔管案、自身違法等，對於外界的各種質疑，吳茂昆下午也發出千字辭職聲明。
指媒體不實指控
吳茂昆在聲明全文第一段就指出，自己在接任教育部長職務後，就被特定媒體以不實的指控抹黑，更是被在野黨立委羞辱，將他刻畫成一個惡質的人。
不實指控造成同仁困擾
吳茂昆說自己對於接任教育部長一職進而規劃、實踐教育理念，認為是無論多困難都應該要全力以赴的工作，但外界對他的不實指控，已造成教育部同仁工作上不必要的困擾與負擔，更使行政院團隊受到傷害，許多該做的事因而延宕。
因此，在幾經思量後，決定此時以最高的道德標準，向頼院長請辭，並已獲得賴院長的同意。
在野黨的惡意挑釁
除了向教育部同仁表達感謝，吳茂昆也再次提到面對在野黨立委在立法院惡意且無理的挑釁，教育部仍然順利完成幾項重要法案的審議。希望藉由他的離開，能摒除掉外界無理的干擾，讓部內同仁可以向前邁進。
強調對事不對人
對於外界質疑吳茂昆是為拔管而接任教育部長，吳茂昆強調「事實不然！」他表示自己的立場及信念自始至終都一致。聲明中他也提到，大學校長是學校的領航人，其遴聘的人選，當然且必須要接受較高道德標準的檢視；這個過程完全是對事不對人。
澄清去中國開會之事
最後吳茂昆也在聲明中澄清他擔任國科會主委時去中國開會的事，他表示前往中國參加的兩場國際性會議在事先皆已向行政院提出申請，並循程序簽辦。
而對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未准駁，吳茂昆表示該場會議在周六、周日舉行，且出席者都是各國科技政策的負責人，因此，在朱經武校長當面力邀下，且考量出席會議可大幅增加臺灣在科技領域發展的國際曝光度，吳茂昆才決定轉往杭州與會。
