澎湖水族館在公部門經營時曾風光一時，成為澎湖重要的觀光旅遊景點，後陸續委外經營，成績都不理想，如今建築與設施都逐漸老化，已不復當年盛況，只好暫時休館。據國內媒體報導該水族館經休館2年後，再度傳出有廠商有意進駐經營，然因先前兩次委外經營均以失敗收場，若還延續過去完全以成本、營利為導向的經營模式，將很難持續下去，故引發當地居民反彈。
為免重蹈覆轍，主管機關除了深入檢討失敗原因並找出解決對策外，對於廠商所提內容（包括完整企畫書、專業能力、 經營理念、財務運作、地方回饋等）應該委請真正的專家學者及地方人士共同參與審查以昭公信，且相關資訊應該公開透明，避免黑箱作業才能讓該水族館真正活化成為一個具有當地特色及具保育、文教功能的水族館。
由於國內旅遊人數有限、同質性過高、維修成本高、經營理念偏差等因素，往往不符合經濟效益，除了極少數水族館或海洋公園可以獲利外，慘澹經營（如台東海洋生物中心的水族館等）或倒閉案例（如台北海洋生活館等）比比皆是，也顯示出以委外方式來推動公共工程（包括大型水族館），在台灣大有問題需徹底檢討，尤其人的因素往往是 BOT（build-operate-transfer）模式成敗的關鍵，不宜再輕易嘗試，以免政府部門最終成為冤大頭！
日本為全球最多水族館國家，2012年資料顯示有125家水族館，都會及偏鄉地區均有，不過每個水族館都各具特色，經營者無不絞盡腦汁吸引客層以求生存，這也是台灣水族館最欠缺的部分。如何吸取別人的優點並善用自身海洋資源來增強觀光旅遊品質，提升離島民眾生活水準，中央與地方政府確實需要多用點心。
以台灣彈丸之地究竟能容納多大規模以及多少數量的海洋生物相關展示館，才能對資源做最有效利用，政府主管機關應該重新規劃評估並找出最適的經營模式，才能兼具營利、海洋教育、休閒旅遊等功能，特別是現今環保意識抬頭，採集野外活體圈養在水族館有限空間供人觀賞展示，已成禁忌。而這些都是澎湖水族館計畫重新開館前必須先做好的功課，別又讓澎湖人失望！
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