日本跟許多國家一樣，也是藥品或手術等被認為施用過剩的國度，有許多藥品效果還很可疑就被廣泛使用，例如人類乳突病毒疫苗，又稱之為「子宮頸癌疫苗」的接種，就是最為明顯的例子，接種後相繼出現副作用，而且是相當嚴重的副作用，厚生勞動省承認到2014年為止，380萬接種人次中，有2475件副作用，其中617件是屬於重症，雖然日本政府在2013年6月停止鼓勵接種，但已有許多少女因此受苦受難，而且是看不見盡頭的痛苦與傷害，甚至也有死亡的例子，這種副作用嚴重到無法承受的疫苗為何會投入稅金在鼓勵接種，叫停之後也還想死灰復燃，許多媒體調查發現背後有相關外資藥廠的手在操縱。
其它也有流感藥的Tamiflu（克流感，下圖）等的例子，日本Tamiflu的消費量是占全球的75％，遙遙領先第二位的美國的20%，日本顯然比世界任何國家使用超過幾倍多的Tamiflu，為什麼會這樣呢？
日本「子宮頸癌疫苗」副作用問題非常嚴重，雖然厚生勞動省調查到去年為止認定的也有2475件，但是日本人跟美國人比較起來算是比較不積極申告而傾向於自己忍耐的，但許多母親實在不忍女兒受害，為了效果不明的疫苗而毀了一生，而且受害者非常孤立，在學校、職場等都很難讓人理解、接受是疫苗副作用結果，因此在2013年3月還只有１千多個副作用受害者出現時,就成立了「子宮頸癌疫苗副作用受害者連絡會」，現在全日本有九個支部。
厚生勞動省是現在雖也還實施從小六到高一的女生都免費接種，亦即全部由公費支付，但已經不鼓勵；而且也指定幾所大學追蹤調查以及研究副作用問題，但至今也還找不到治療方法，厚生勞動省承認此項疫苗「的確出現其他疫苗所未見的長期疼痛等的症狀，必須正確分析實態後做決斷，而且基於調查結果才能考慮是否重新鼓勵接種。」
副作用若屬於重症都是非常慘痛的悲劇，輕度副作用則有出現紅疹、全身腫脹疼痛或過敏反應，或有人發燒、嘔吐、暈眩、肌肉無力及麻痺；也有些副作用較嚴重，像是如來月經般地不斷出血、直腸出血，或手腳痲痹、臉部神經痲痺、痙攣抽搐或癲癇等，甚至半身不遂，或有出現類似膠原病的例子，只能一直躺在病榻上的。
也有傷及腦例子，如奈良縣三郷町一位高２女生，接種三次後，變成無法談話，認知有問題，腳關節無法動彈，因為眼睛會痛，在室內也戴全黑眼鏡，這都還算是比較好的狀態，初期住院時全身接了無數的點滴的管，而且還用人工呼吸器；也有原本成績很好的女生，接種後問母親「妳是誰？」連弟弟的名字都不記得，家人端出咖哩飯或水果，都問：「這要怎麼吃?」腦機能也出了問題。
日本有看法認為人類乳突病毒有100種以上，疫苗對日本人有效的約半數，透過定期檢查以及早期治療等也足以對應，沒有冒著得重症的風險而非接種不可的必要性；目前只有嘉喜藥廠出產的四價疫苗，預防4種病毒，但保護力只有5年；保蓓藥廠出產的二價疫苗預防2種，保護力只有8.4年。以一個12歲女生施打嘉喜的疫苗來看，保護力最高8.4年也只不過20歲，就算有效，能保護期間有限，而且現在連日本也很多女生到20歲也未必有性經驗。
這兩種疫苗受害者全球受害者有列入報告的是２萬８千661人，死亡人數達130人，而且估計實際受害者應該這個數目的10倍以上。日本雖然厚生勞動省承認這是疫苗副作用，但是還沒有真正相關的救濟措施，現在也只有有限的地方自治體如橫濱市、東京杉並區或奈良的三鄉町等認定可以獲得一些住院補助等。
厚生勞動省也不是全部都那麼慎重的，像2012年7月有日本國中女生接種了保蓓疫苗死亡，厚生勞動省審議會得出的結論是「跟疫苗沒有直接的關係」；雖然厚生勞動省從２年前停止鼓勵接種疫苗，但日本醫療界也還有些組職不死心，不斷要求政府恢復鼓勵接種，厚生勞動省有２個跟疫苗以及藥品安全的檢討調查會舉行聯合會議來討論，得出的結論是疫苗副作用並非因為藥劑本身而是因為注射的疼痛帶來的「身心反應說」。
但是其後這個聯合會議被發現7成以上拿了外國藥廠的錢；雖然審議會的成員的醫療關係人士（專家）接受外國廠商捐款來研究的例子不奇怪，但厚生勞動省官員把這麼重要的審議工作全部丟給這種跟外資藥廠關係密切的人，無法期待發生把關效果，而且厚生勞動省官員退休後轉任到外國藥廠的也不少；因此聯合會議的結果讓人無法信賴，厚生勞動省到現在沒法重新鼓勵接種。
台灣消基會在今年5月曾經開記者會指出，台灣至少有1/3縣市是由國健署補助國中女生打子宮頸癌疫苗，其他多數縣市是自行補助國一女生，或全面補助國一至國三女生接種，金門則是連高中職以上的男女生都補助接種，日本已經有這些事例，而呼籲台灣是否也應該調查、暫緩。
Tamiflu是英國的Gilead Sciences公司在1996年開發成功的，美國前國務卿拉姆斯菲德是該公司董事，Tamiflu其後賣給瑞士羅氏公司；日本厚生勞動省在2000年認可之後，翌年就准予適用保險，能如此順利過關的背景，曾被追究過，認為或許與羅氏的日本代理店的內外製藥的，其中有厚生勞動省退休官員來負責Tamiflu不無關係。
日本是從2005年起就發現服用Tamiflu的少年，會有人行動異常而跳樓死亡，美國聯邦食藥局（FDA）公佈日本因為服用Tamiflu而死亡的小孩達12人，其他全球也有皮膚超過敏症12件、幻覺、異常行動等精神神經病式症狀32件等事件，幾乎都是在日本；但是日本小兒科學會卻發表聲明，否認Tamiflu跟這些死亡等的因果關係，其後2007年又連續有少年因為服用Tamiflu跳樓死等，厚生勞動省才宣佈緊急限制未成年者使用，而公佈因Tamiflu到2006年共54人死亡；其後也有良心的醫學學者鍥而不捨研究Tamiflu跟這些異常行動的因果關係，2007華盛頓大學和泉幸俊教授等以及2008東大醫學團隊相繼證明了Tamiflu的確會導致神經細胞亢奮等，但厚生勞動省依然不承認，認為因果關係還有待解析，目前限制未成年使用就夠了。
除了這兩樣外，也還有抗肺癌的標靶藥的Iressa（艾瑞莎，上圖）也一直被說是有副作用，在外國還沒有獲得許可，卻在日本火速獲得許可，也就是2002年1月25日申請、7月5日便通過，而同月16日就開始販賣，也因此初期數年間日本有數百人死亡，2009年9月，日本厚生勞動省統計顯示因Iressa /藥物副作用的受害者2097人、死亡799人，2011年3月死亡高達825人。
（http://i250-higainokai.com/subpage4-iressafukusayougaisetsu.html ）並非如台灣醫界所說的在日本是0藥害、０副作用、０死亡。
因為死太多人了，因此慎重檢查病患適性才施藥，死亡減少，但也是官方跟藥廠都否認因果關係；日本先端医療振興財團臨床研究情報中心長福島雅典，指出Iressa在發給許可前附加文件裡沒有適當反映應有的資訊，對於副作用的警訊過小評價，日本許多上市販售前臨床試驗的外部妥當性都沒有經過嚴密評價，日本也沒對Iressa實施日本誇耀世界的「市販後全例登録制度」，Iressa藥害等於是日本至今各種藥害的集大成；Iressa藥害訴訟因為因果關係很難證明，受害者未能勝訴，但三審有３位法官都加了補充意見，指出如致死等重大副作用應該要記載等等。
這些藥害事故，會讓許多日本人覺得日本人體簡直變成外資藥廠實驗場，相當悲痛今年8月24日的「根絕藥害日」有11個受害團體都參加了相關活動，因為現在也還有多女性及兒童受害。
現在像WHO（世界衛生組織）以及日本醫師會也還積極獎勵打子宮頸癌疫苗，甚至外資藥廠背後還有美國華盛頓的戰略國際問題研究所（CSIS）提出建議應該獎勵打子宮頸癌疫苗的報告，該所不僅對藥品，也還對TPP、日本到霍姆斯海峽掃雷等都對日本建言，也讓人覺得日本被美國管的事真不少，或許也是同盟國的代價？
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