代工生產模式是台灣製造業的最大特色，它曾為台灣經濟來貢獻，卻也衍生若干亟待克服的結構性問題，是到了必須思考改弦更張加以調整的時候。
上個世紀末經濟全球化帶來的國際產業分工趨勢成形，台灣依循國際局勢，將重點產業開始轉為高科技產業。然而，台灣產業在知識能量與品牌經驗均不足的情形下，很難在創造高附加價值的研發創新或品牌行銷上占到便宜，因此靠著成本降低來賺「管理財」的代工生產便成為台灣在國際產業分工中的主要營利模式。早年，在廠商致力於成本降低的效率提升及沒有太多競爭對手之下，代工模式的確為台灣的出口、投資、就業與經濟成長帶來貢獻。
代工生產模式著重的是能致力降低成本的管理技能與規模量化生產。然而，一旦有競爭對手出現，代工生產模式的獲利能力就會很快消失。很不幸地，台灣接單、海外生產的模式，在中國政府刻意的政策安排下，很快就產生了代工模式的強力對手 — 中國。
在代工生產模式下，因台灣下游產業外移卻獲得茁壯發展的中上游產業部門也沒有幾日好光景。一來，海外台商回台採購的需求逐漸減少，二來資源集中於中上游產業（特別是資通訊產業）造成生產規模龐大，衍生出必須低價搶訂單的經營模式，也造成普遍微利的結果。這種量產為例的生產模式也最容易受到全球景氣衰退的衝擊。2008年的全球金融海嘯對台灣DRAM產業的衝擊就是典型的例子。
此外，代工模式的微利與面對景氣不確定性的疑慮也衝擊台灣的勞動條件。一方面，微利使得廠商沒有大幅加薪的條件：另一方面，擔心不景氣衝擊的廠商一來即使獲利，也寧可以非經常性薪資的方式分享員工，而非調升經常性薪資，二來也寧可以加班的方式來因應訂單榮景，而非增聘員工。當前台灣經濟最嚴重的問題之一，就是勞動條件的惡化，包含低薪、工時過長、失業率長居亞洲四小龍之首等，都與代工生產模式脫不了關係。
代工生產模式所衍生的另一問題，就是使廠商從早年可輕易獲得廉價生產資源開始，多習於降低成本的經營模式，缺乏研究創新的動力與能力，導致產業轉型升級困難。產業轉型升級至今未見實效，代工模式比例過高難辭其咎。
代工生產模式固曾對台灣經濟有所貢獻，但所衍生的問題，如抑低勞動條件、有礙產業升級等，卻是當前經濟面對的最大問題。
台灣的代工生產模式最大的問題，一來在於易被仿效、取代，二來在於產業規模過大、廠商過度競爭，也因此導致前述的種種惡果，並導致被某種程度的汙名化。如果能避免前述兩項問題，代工模式並非全然不可行。
首先，應摒除沒有關鍵技術或關鍵產品的代工。這一類的代工模式所占的比重很高且規模龐大，耗用的生產資源與政府資源很多。台灣是資源有限的國家，土地、水力、電力、甚至人力資源都因稀少而彌足珍貴，實沒有條件也不應該將幾乎所有的資源都投注於這一類代工模式。
反之，我們應致力保留、發展擁有關鍵技術或關鍵產品的代工。這一類的代工不會因微利而導致勞動條件惡化，也無需擔慮妨礙產業升級。更重要的是，這一類的代工可以量少質精、附加價值高來獲利，無需追求規模量產，因而不會耗用過多的生產資源，是資源稀少（特別是勞動力將逐漸減少）的台灣適合的生產模式。日本許多生產關鍵產品或擁有關鍵技術的廠商，正是我們最好的借鏡。這一類的代工不一定會有品牌，卻無損獲利，正如德國諸多的「隱形冠軍」企業。
雖然品牌經營是台灣長期不得不走的路，但我們可以說，自創品牌與好的代工模式並不衝突，都可以是好的產業發展模式，而其中最重要的共同關鍵，正是研發創新能量的提升。
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