SARS疫情爆發時，台北市和平醫院封院事後被認為是錯誤決策，當時擔任台北市長的前總統馬英九辦公室稱是「中央下令，地方執行」，時任行政院長的立法院長游錫堃今(26)日出面喊冤，喊話「馬先生說話要憑良心」。
游錫堃指出，決定封院前，馬英九沒有事先向他報告，他根本不知道，之後才做危機處理。游錫?質疑，如果說行政院長代表中央，行政院會馬英九都有開會，為什麼和平醫院封院前不必報告。
游錫堃表示，台北市決定封院後，中央才啟動危機處理，他第二天馬上召見馬英九，當時為了保護馬英九，還特別約到官邸秘密進行了解，游錫堃一一列舉日期，抱怨馬英九「要中央支援的我全答應」「我要求的馬英九都沒做到」。
游錫堃批評，當初要求在和平醫院看過病的人都要追蹤，但馬英九沒處理好，讓病例跑到外縣市。他要馬英九講話憑良心，不要動不動就批評別人，把責任都推給中央。
台北市議員羅智強則翻出當年衛生署長涂醒哲接受雜誌專訪的內容，指「堅持當初封院的決定是對的」，澄清封院並非馬英九決定，而是中央下令。
