2019年2月，才接下海巡署長一職，說要跟海巡弟兄一起努力，如今陳國恩卻主動辭職，對外說是因為家庭因素，但外傳跟行政院長蘇貞昌有關。
據傳，7月份，陳國恩向蘇貞昌業務簡報時，蘇貞昌當面怒斥，說海巡署長不是像警察局長，出張嘴指揮就好了！你的簡報內容，你先消化吸收了沒有？還說，報了半天，我問你，你知道什麼細節！讓陳國恩顏面盡失
行政院長蘇貞昌表示，「書面辭呈講得很清楚，他是因為家庭因素，我們很關心他，也希望他能多保重，也謝謝他這段時間，為國家服務的辛勞。」
蘇貞昌說，陳國恩的辭職就是家庭因素，不過，傳出8月中，國民黨立委陳玉珍要前往東沙島視察，曾傳出會影響20名島上弟兄無法回台休假，後來海巡署表示並無影響，打臉高層說法，讓上級長官很不滿，這才是陳國恩走人的導火線。
立委（國）陳玉珍表示，「我覺得這個可以看出來，第一個民進黨的政府，是不容許說真話的官員存在，陳署長算是高風亮節，不吃嗟來食。」
立委（民）王定宇表示，「海巡署署長突然請辭，我自己都覺得很納悶，因為沒有什麼事情導致他該請辭，東沙的部份主責是國防部，並不是海巡署，那目前海巡署在最近才剛破了大案，所以陳署長很辛苦，至於他請辭有沒有其他原因，目前我沒有看到。」
陳國恩64歲，警大44期第一名畢業，還是警政、犯罪防治研究所博士，曾任高雄市、台北市分局長，新北市警察局局長，他甚至打破台北市警察局長陞任警政署長的慣例，2015年接下署長一職，但2017年因為世大運陳抗事件，遭調任國安局副局長，沉潛了1年多，又轉任海巡署署長。
從防禦豬瘟到緝毒，陳國恩善於運用媒體，經營網路社群，他曾創立NPA署長室，後來擔任海巡署長，也成立粉絲團，重視基層、公關能力好，沒料到明年（2021年）1月才滿65歲，他卻在今年（2020年）8月底、9月中二度請辭，提早卸下海巡署長一職，究竟是因家庭因素，還是有其他原因，讓陳國恩辭意堅定，只有他最清楚。
（民視新聞／綜合報導）
