新冠肺炎引起兩岸包機爭議，前總統馬英九公開呼籲兩岸捐棄成見、對等對話，希望蔡英文總統讓人道超越政治。
前衛生署署長葉金川一度請「馬英九閉嘴」，讓防疫回歸專業，前衛生署長的楊志良也說馬英九「是好人但不適合當總統」。
對此，馬英九上午出席二二八和平公園福德宮參香祈福活動，幽默回應：「他怎麼現在才知道呢？」馬英九表示，葉金川是他當任台北市長任內的衛生局長，也是他擔任總統任內的衛生署長和總統府副秘書長，兩人認識快50年，葉金川說得不錯，對疫情不要去干擾，但關鍵問題例如對兒童人權，該講的話，他還是要講。
被楊志良指不適合做總統，馬說，楊志良跟葉金川都當過他任內的衛生署長，都當得不錯，尤其是楊志良關於二代健保和美牛的問題，給了很好的建議。
馬英九強調，葉楊對他的發言有滿多誤會，他沒有去干擾指揮官指揮疫情，但許多陸配子女在台灣有居留權，按照國際法，也有中華民國國籍，可是卻不能回來；相反的，在台外僑，即使身在中國、香港、澳門還是可以回來，這很明顯是不公平、有歧視之嫌，身為前總統，該講的話，他還是要講。
