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去（2019）年12月31日傳出中國湖北省武漢市出現多起不明肺炎病例（現已被WHO正名為2019新型冠狀病毒），再加上前些年SARS、MERS疫情影響，因此衛福部疾病管制署15日公告，把「嚴重特殊傳染性肺炎」列為第五類法定傳染病。由於繼泰國出現確診病例後，今（16）日日本也確認出現1例2019新型冠狀病毒確診病例，因此疾管署今（16）日宣布，即刻起提升武漢旅遊疫情建議至第二級警示（Alert）。
疾管署表示，該署於昨（15）日接獲中國疾控中心通報，新型冠狀病毒感染的肺炎病例仍維持41例，其中重症6例、1例死亡，已出院7例；另，日本於今（16）日公布該國首例武漢新型冠狀病毒境外移入確診個案，患者於滯留武漢期間出現發燒症狀，未曾至華南海鮮市場，但有在武漢與不明的肺炎患者近距離接觸的可能性，疾管署將密切關注。
疾管署指出，因泰國及日本相繼出現未赴華南海鮮市場之確診病例，研判武漢當地雖不排除有限人傳人風險，然感染源尚未釐清，疾管署宣布自即日起提升武漢市旅遊疫情建議至第二級警示（Alert），提醒國人近期如將前往中國武漢及鄰近區域，應做好個人防護措施。
疾管署表示，該署已於國際及小三通港埠全面提升警戒，對入境發燒旅客全面詢問武漢旅遊史及健康評估，呼籲有中國大陸武漢旅遊史旅客，若有發燒或咳嗽等身體不適症狀者，無論是否服用藥物，皆應主動告知機場檢疫人員，以協助旅客及提供健康評估。
疾管署表示，自2019年12月31日啟動由武漢直航入境班機之登機檢疫，已執行26航班，共檢疫2845名旅客及機組員，有症狀者共13名，其中7名已解除列管，餘6名經評估無須後送者之症狀皆已改善或痊癒，由地方政府衛生局持續追蹤關懷。迄今共9名符合「中國武漢旅遊史之發燒肺炎病例」個案均已排除，國內目前並無2019新型冠狀病毒確診個案。
疾管署提醒，計劃前往前往中國大陸武漢及鄰近區域之民眾，應避免出入傳統市場、醫院等人多之公共場所及接觸野生和禽畜類動物，並做好個人防護措施；返國14天內如出現上述症狀，應戴上口罩儘速就醫，並告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚（TOCC）。
