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去（2019）年12月31日傳出中國湖北省武漢市出現數名不明肺炎病例，近幾日亦傳出香港、新加坡也出現不明肺炎病例，因武漢不明肺炎具有感染風險，因此衛福部疾病管制署7日宣布將武漢的國際旅遊疫情建議等級列為第一級。今（9）日疾管署表示，武漢不明病毒性肺炎已排除是SARS及MERS感染，且接獲中國通知為新型冠狀病毒，不確定是已知冠狀病毒或全新的冠狀病毒。疾管數亦表示，就目前已知特性來推測，此新型冠狀病毒可能是動物傳人，通常人傳人的能力較弱，
疾管署表示，中國官方自1月5日後未再針對武漢市不明原因病毒性肺炎疫情公布病例統計資料，截至今（9）日仍為59名病例。疾管署說接獲中國通知，病原體初步判定為新型冠狀病毒，核酸檢測結果共15例陽性，已完成病毒全長基因定序，電子顯微鏡下亦呈典型冠狀病毒型態。疾病管制署表示，現有資訊均在預期與掌握之中，我國目前針對檢疫、檢驗、醫療物資整備等均有所準備，故仍維持現有防疫作為。
因應中國武漢肺炎疫情，疾管署自2019年12月31日啟動由武漢直航入境班機之登機檢疫，已執行14航班，共檢疫1317名旅客及機組員，截至目前有症狀者共10名，其中1人因出現發燒、咳嗽症狀符合後送就醫條件，已通報檢驗中，其餘9人症狀皆已改善並恢復，經評估無須後送，由地方政府衛生局持續追蹤關懷。另有3名符合「中國武漢旅遊史之發燒肺炎病例」通報定義個案，1名驗出H3N2流感病毒（屬登機檢疫有症狀者）、1名檢出H1N1流感病毒、1名檢驗中（屬上述登機檢疫後送者）。
疾管署提醒，民眾近期前往中國武漢當地及鄰近區域，應避免接觸禽畜類動物、前往禽畜市場及生食肉品，同時避免接觸病患並落實肥皂勤洗手。返國入境時如出現發燒或類流感症狀，應主動告知航管檢疫人員，依照指示配戴口罩就醫；自武漢地區返國後14天內如有疑似症狀，應儘速戴口罩就醫，並主動告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及群聚情形（TOCC），以供醫師及時診斷通報。
